南京海关成立后,随着江苏海、陆、空口岸快速发展,进出口货物监管工作量大幅增长。从1980年起,南京海关在江苏省境内陆续设立分支机构,并不断进行调整和充实。其变化情况如下:
1、设在南京地区的隶属机构。
南京新生圩海关 1984年12月,海关总署批准南京海关设立驻新生圩码头办事处。 1987年9月,海关总署批复准予南京海关驻新生圩码头办事处下设综合科、货运监管科、船舶监管科。1990年1月22日,海关总署批复,驻码头办事处增设查验科。1991年10月15日,海关总署批复南京海关设立南京新生圩海关,为正处级机构。1992年6月8日,海关总署批复南京新生圩海关6月24日开关,位于南京市栖霞区新生圩港。截至1999年底,南京新生圩海关内设机构有:办公室、人教科、货管科、关税科、统计处、船管科、调查科、稽查科、技术科、行政科。南京新生圩海关的业务管辖范围为:南京港东起仪征锚地、西至梅山基地码头约70公里长江沿岸对外开放的泊位、码头、锚地。
2、设在江苏境内的其他隶属机构。
张家港海关 1980年9月10日开关,原称张家港分关,为科级机构。1984年12月,经海关总署批准升格为正处级机构。1985年2月,改称为中华人民共和国张家港海关。该关关址原设在张家港港区镇长江中路1号,1996年12月搬迁至张家港市人民中路34号,下设副处级的驻港区办事处。
南通海关 1980年11月10日开关,原称南通分关,为科级机构。1984年12月,经海关总署批准升格为正处级机构。1985年2月,改称为中华人民共和国南通海关,关址位于南通市青年西路42号,下设副处级的驻启东办事处和驻南通开发区办事处。
连云港海关 前身为山东滨海解放区安东卫海关、涛雒海关(1947年),1948年11月25日连云港解放后设立连云港海关。1985年2月18日,划归南京海关领导,为正处级机构。该关关址原设在连云港市中山西路(荷花街),1998年12月迁至连云港市中山东路135号。
镇江海关 1987年3月18日,海关总署批复设立镇江海关筹备处,1987年9月1日开关,为正处级机构,位于镇江市东吴路118号,下设副处级的驻丹阳办事处。
无锡海关 1988年1月,国务院批准设立无锡海关,为正处级机构,1988年11月18日开关,关址位于无锡市湖滨路36号,下设副处级的驻宜兴办事处和驻锡山办事处。1992年2月27日,原张家港海关驻江阴办事处划归无锡海关领导。1994年12月28日,江阴海关成立,无锡海关驻江阴办事处自行撤销。
苏州海关 1988年9月14日,国务院批复设立苏州海关,为正处级机构。1991年3月30日开关,位于苏州市三香路157号。1997年6月,苏州海关的行政级别由正处级调整为副厅局级,下设正处级的常熟海关、太仓海关和副处级的驻吴江办事处、驻吴县办事处、驻昆山办事处。
常州海关 1991年12月26日开关,为正处级机构,关址位于常州市劳动西路8号,下设副处级的驻溧阳办事处。
江阴海关 1990年11月8日,张家港海关驻江阴办事处对外办公,为副处级机构。1992年3月18日,江阴办事处划归无锡海关领导。1993年11月25日,海关总署批复设立 江阴海关,为正处级机构,1994年12月28日开关,位于江阴市滨江中路211号。
盐城海关 1992年5月28日,南京海关驻盐城办事处对外办公。1994年1月25日,海关总署批复南京海关驻盐城办事处调整为盐城海关。1995年3月29日,盐城海关开关,为正处级机构,位于盐城市建军东路105号。
扬州海关 1992年12月16日,海关总署批复设立扬州海关,为正处级机构,1995年6月9日开关,关址位于扬州市石塔西路98号,下设副处级的驻泰兴办事处。
徐州海关 1993年1月19日,海关总署批复设立徐州海关机构筹备处。1993年5月20日,根据国务院批准,海关总署批复设立徐州海关,为正处级机构,1995年12月28日开关,位于徐州市淮海东路138号。
张家港保税区海关 1993年12月2日,海关总署批复设立张家港保税区海关筹备处。1994年11月2日,根据国务院批准,海关总署批复设立张家港保税区海关,为正处级机构,1996年12月18日开关,关址位于张家港保税区内。
淮阴海关 1995年5月12日,国务院批复设立淮阴海关,为正处级机构,1997年6月18日开关,关址位于淮阴市健康西路146号。
苏州工业园区海关 1994年11月10日,海关总署下发《海关总署关于设立苏州工业园区海关筹备处的通知》,日常工作依托苏州海关办理。1995年4月28日,苏州工业园区海关(筹备处)正式进驻园区开办海关业务。1995年5月12日,国务院批复设立苏州工业园区海关,为副局级机构,1999年5月12日开关,与苏州海关脱离隶属关系,直属南京海关领导。关址位于苏州市东郊金鸡湖畔。
1998年12月17日,海关总署批复设立南京海关走私犯罪侦查分局,下设苏州海关走私犯罪侦查支局、连云港海关走私犯罪侦查支局、南通海关走私犯罪侦查支局、张家港海关走私犯罪侦查支局、无锡海关走私犯罪侦查支局、江阴海关走私犯罪侦查支局、镇江海关走私犯罪侦查支局、常州海关走私犯罪侦查支局、扬州海关走私犯罪侦查支局,均为正处级机构。1999年,上述支局相继挂牌开展工作。