甲公司你就按你们正常的发票进账单来进行账务处理即可。
A公司的账务处理为
借”存货等相关科目
贷“其他应付款--B公司
你公司的货由甲公司运至A公司是销售行为，帐务处理：借：应收账款-A公司
贷：主营业务收入
应交税费-应交增值税-销项税
支付运输费用：借：销售费用
贷：银行存款或现金
B公司代垫货款时：
借：银行存款
贷：应收账款-A公司
或：
借：银行存款
贷：其他应付款-B公司
借：其他应付款-B公司
贷：应收账款-A公司
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